Однак конфігурація не призначена для ведення повноцінного бухгалтерського обліку і формування всіх необхідних регламентних документів для подання їх у державні податкові органи. Ці завдання вирішуються в інших бухгалтерських конфігураціях. У програмі «BAS Медицина» передбачена можливість вивантаження даних на рівні первинних документів та проводок у наступні конфігурації:
- «Бухгалтерія для України, ред. 2.0».
- «BAS Бухгалтерія, ред. 2.1».
Конфігурація дозволяє вести облік від імені декількох медичних організацій на будь-якій кількості складів. Медична організація складається з різних підрозділів, працівники яких забезпечують взаємодію організації з пацієнтами, страховими компаніями, засновниками та постачальниками і представляють керівництву різні звіти про результати своєї діяльності. Підрозділи, що беруть участь в обігу медикаментів і витратних медичних матеріалів (склади, лікувальні відділення, кабінети), здійснюють діяльність з управління матеріальними ресурсами медичної організації. Результати руху матеріальних ресурсів медичної організації передаються в бухгалтерську конфігурацію. На основі результатів діяльності по управлінню матеріальними ресурсами медичної організації в конфігурації «BAS Медицина» можна формувати звіти, які надаються державним органам.